rho es referido a la armadura en tracción, o a la de toda la sección?

Rho se refiere siempre a la cuantía de toda la sección. Otro tema es que tú marques como "fija" (no dimensionable) una parte de la armadura de tu sección,

Así, en esta imagen vemos cómo al dejar vacío el campo de rho, obtenemos el diagrama para la cuantía de nuestra sección:

Ahora, si hacemos fija la armadura de la cara inferior vemos que, de ese 0.46% de cuantía, 0.44 es fija y 0.02 dimensionable.

Y podríamos aumentar la cuantía a 0.50 y sólo estaría aumentando laarmadura de la cara superior: